一、含有毒害作用的肥料。主要是农作物生产中使用最多的尿素。尿素在农作物生产过程中常生产少量的缩二脲，如果该含量超过2%，对种子和幼苗产生毒害。

二、含有害离子的肥料。一类是氯化钾、氯化铵。此类化肥含有氯离子，施入后会产生水溶性的氯化物，对种子发芽和幼苗的生长不利。另一个类是硝酸铵、硝酸钾。因含有硝酸根离子，对种子发芽影响很大。

三、含有腐蚀作用的肥料。如碳酸氢铵和过磷酸钙。若用此类化肥做中药材栽培是的种肥，对种子发芽和幼苗都会产生危害。若土质差，一定要此类肥料，可将其施在沟下或底层，上面覆盖一层细土后再撒播药材种子;也可将过磷酸钙与土杂肥混合均匀后施用。在种植中药材时应避免此类化肥与药材种子的幼苗直接接触。