该办法规定，国家基本药物目录中的药品包括化学药品、生物製品、中成药和中药饮片。化学药品和生物製品主要依据临床药理学分类，中成药主要依据功能分类。化学药品、生物製品、中成药，应当是《中华人民共和国药典》收载的，国家食品药品监管部门、原卫生部公布药品标准的品种。化学药品和生物製品名称採用中文通用名称和英文国际非专利药名中表达的化学成分的部分，剂型单列;中成药採用药品通用名称。

办法明确，下列药品不纳入国家基本药物目录遴选范围：含有国家濒危野生动植物药材的;主要用于滋补保健作用，易滥用的;非临床治疗首选的;因严重不良反应，国家食品药品监管部门明确规定暂停生产、销售或使用的;违背国家法律、法规，或不符合伦理要求的药物等。